La AP-46 disminuye el trayecto hacia la Costa del Sol en casi 8 kilómetros, proporcionando grandes ventajas de seguridad, confort y tiempo de trayecto.
La autopista inicia su recorrido Norte – Sur en un punto próximo a la conexión actual de las autovías A-45 (Córdoba/A-92 – Málaga) y la A-92M (Cuesta de La Palma – Alto de las Pedrizas). En esta zona, en las proximidades de Villanueva de Cauche, correspondiente al término municipal de Antequera, se ubica el enlace inicial de la autopista (enlace A-1, en el P.K. 141,0 de la A-45).
El trazado discurre inicialmente al Este de la A-45 y tras un recorrido de 5 Km. la autopista cruza dicha vía a la altura del P.K. 146,0 al Norte de Casabermeja, continuando posteriormente al Oeste de la A-45, conectando en la zona Noroeste de Málaga (al Norte del Puerto de la Torre) en la segunda Ronda de Circunvalación Oeste de Málaga, mediante un segundo enlace (A-2).
La conexión de la AP-46 en la segunda Ronda Oeste (enlace A-2), permite, en dirección Este, acceder a Málaga por el Norte. Las conexiones de la segunda Ronda Oeste de Málaga con la C-3310 al Noroeste, la A-357 (Campanillas/Cártama) al Oeste y el Valle de Guadalhorce al Suroeste (Aeropuerto, Churriana, Alhaurín/Coín y Torremolinos), así como con la AP-7 (Costa del Sol), favorece una redistribución del tráfico exterior hacia dicha Ronda.
La autopista discurre por los términos municipales de Antequera, Casabermeja, Almogía y Málaga a lo largo de más de 28 Kilómetros, siguiendo una orientación norte-sur desde el Alto de Las Pedrizas (Villanueva de Cauche) hasta el Puerto de la Torre (noroeste de Málaga) donde enlaza con la segunda Ronda de Circunvalación Oeste de Málaga.
